Khutbatul Arsy adalah Khutbah tertinggi yang disampaikan oleh Pimpinan Pondok Pesantren Madinatunnajah, KH. Agus Abdul Ghofur, M.Pd. pada awal Tahun Pelajaran. Khutbatul Arsy merupakan agenda penting yang diadakan rutin setiap awal tahun pelajaran Pondok Pesantren Madinatunnajah. Dan ini merupakan bagian dari kegiatan Pekan Olahraga, Seni, dan Pramuka (PORSEKA) Santri Madinatunnajah dan wajib diikuti oleh seluruh Santri dan Santriyah. Beberapa nama lain dari Khutbatul Arsy :
- Khutbah perkenalan
- Khutbah perpeloncoan
- Khutbatul Iftitah
Khutbatul Arsy berisikan 3 Point penting
- Perkenalan tentang pondok pesantren Madinatunnajah ke dalam ke luar serta menyeluruh
- Program perpeloncoan
- Program jangka pembangunan Pondok Pesantren Madinatunnajah.