Dalam rangka peningkatan kesejahteraan guru, Pesantren Madinatunnajah Selalu mengikut sertakan guru-gurunya pada program yang diadakan oleh pemerintah salah satunya Program Sertifikasi Guru. sesuai UU Nomor 14 tahun 2005 tentang Guru dan Dosen maka hampir semua Guru yang ada di Pondok Pesantren Madinatunnajah Jombang Ciputat Tangerang Selatan sudah tersertifikasi. Guru dari tingkat Raudlatul Athfal hingga tingkat Madrasah Aliyah sudah memiliki sertifikat pendidik.
Kementerian Agama (Kemenag) kota tangerang selatan (tangsel) selaku pejabat yang memonitor dan mengevaluasi guru yang berada di bawah naungannya secara rutin, salah satunya guru yang berada di Pesantren Madinatunnajah. tepatnya pada tanggal 16 Juni 2017 Guru sertifikasi di monitoring dan dievaluasi kinerja guru selama satu tahun pelajaran 2016-2017, sehubungan dengan monev tersebut, maka guru harus mempersiapkan instrumen monitoring guru sertifikasi kemenag. sebanyak sekitar 30 guru bersertifikasi dari tingkat RA, MI, MTs dan MA Madinatunnajah di monitoring dan evaluasi (monev).